Das in Climber-3α verwandte Atmosphärenmodell ist POTSDAM-2, ein aus Climber-2 übernommenes 2,5 dimensionales, statistisch dynamisches Atmospärenmodell mit vielen Prozessen die auch bei komplexeren Modellen zu finden sind. Im Gegensatz zu atmosphärischen Zirkulationsmodellen (AGCMs) löst es synoptische Phänomene nicht auf, sondern macht Aussagen über die statistischen Auswirkungen der Konstellationen dieser Ereignisse. Großskalige Bewegungsmuster wie Monsune, der Strahlstrom oder die Hadleyzirkulation und die wichtigsten Luftduckmuster sind aber direkt zu beobachten.
Es wurde eine einheitliche Struktur der vertikalen Temperatur- und Feuchteverteilung in der Atmosphäre angenommen, was die Reduzierung der dreidimensionalen Beschreibung zu einem System zweidimensionaler, vertikal gemittelter Gleichungen für Feuchte und Temperatur erlaubt. Das dreidimensionale Feld, benötigt für die Berechnung der Dynamik und der Strahlungsflüsse, kann dann wiederum aus den vertikalen Profilen erhalten werden.
Die atmosphärische Zirkulation sowie der Energie- und Feuchtetransport werden in zehn Druckniveaus berechnet, die langwellige Strahlung in 16. Die Auflösung wurde in Climber-3α auf 7,5° x 22,5° verbessert, statt 10° x 51,4° wie in Climber-2, und der Zeitschritt von einem ganzen auf einen halben Tag verkürzt.